问题分析：主要筛查苯丙酮尿症和先天甲状腺功能低下，因为苯丙酮尿症和先天甲状腺功能低下这两种疾病，如果不及时治疗，会对宝宝造成严重的伤害，导致宝宝的生长发育障碍，甚至终身残疾和智力低下等严重后果。如果及时治疗，可以避免这些严重的后果。
