问题分析：支原体和衣原体感染的区别为感染系统不同、检查不同等。
1.感染系统不同：支原体感染后，会导致尿道炎、前列腺炎等泌尿生殖系统的疾病。除了会侵入泌尿系统外，还会在眼部引起一定的感染，从而引起沙眼。
2.检查不同：支原体的检测方法主要是检测生殖支原体和人型支原体。而衣原体则是通过检测身体内的抗体来进行检测。这两种药物的作用是一样的，都是以消炎、抗菌为主要目的，四环素类、阿奇霉素、左氧氟沙星等是最常见的两种药物。
不过这两种病是有一定的相似性的，所以在治疗的时候最好是同时进行。如果有这样的症状，最好是去医院治疗。
