问题分析:卵巢囊肿和巧克力囊肿的区别就是卵巢囊肿分为生理性和病理性囊肿,生理性囊肿一般随访2到3个月可自行消失不需要治疗,病理性的囊肿一般是直径超过5厘米的囊肿,这个需要手术治疗。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种,症状比较明显,一般以痛经为主。